中国绿色转型发展不可能是一帆风顺的，进程中的阻力显而易见。从目前及今后一个时期来看，中国绿色转型发展的阻力主要体现在四个方面。其一是发展理念的滞后，特别是对发展的片面理解。其二是国家治理体制对绿色发展的不相适应。其三是国家治理机制对绿色发展的不相适应。其四是绿色发展基础能力的缺欠，特别是科技支撑能力、基础设施等方面较为滞后。
这些方面，可以归结为发展理念的阻力、治理体制的阻力、治理机制的阻力和基础能力的缺欠。对这些阻力必须重视，着力从转变发展理念、改革治理体制、创新治理机制、加强能力建设等方面消除阻力，确保绿色转型发展的顺利推进。
发展理念的滞后、落后
发展观念对经济发展方式的形成和转变也具有重大影响。传统的发展观维护传统的发展方式，而且一旦形成，还会产生惯性，短期内难以消除，极不利于发展方式的转变。对中国来说，绿色发展理念是一个舶来品，当发达国家纷纷出台扶持绿色发展的政策和法规、规范企业的活动、大力提倡绿色发展的时候，中国绿色发展的理念仍然淡薄，在全社会还没有广泛传播。
第一，唯ＧＤＰ增长论英雄。盲目追求ＧＤＰ的负面效应已经超出了环境和社会承受力，雾霾天气、严重污染的河流和地下水以及大量的资源被消耗殆尽造成人口与资源关系紧张等境况已经给出了答案。
第二，单纯重招商引资。各级地方官员为了政绩考核、个人升迁的需要，通过一些优惠政策，包括免费或低价使用土地、水、电等政策，吸引大量投资发展工业项目尤其是大型工业项目，这类项目的上马对于当地ＧＤＰ的增长拉动效果非常明显。只注重招商引资却忽视了许多引进的建设项目带来的新污染源对地方环境造成的负面影响。
第三，单纯重财政收入。通过粗放的经济发展方式进行大量的物质资料投入创造ＧＤＰ政绩成效，追求ＧＤＰ高速增长，忽略了ＧＤＰ的质量、人文环境和资源环境指标，用资源环境作为代价，一味地向自然索取，造成严重的生态环境问题。
第四，绿色消费理念较为淡薄。中国生态环境意识普遍不高，使得节约资源和保护生态环境的观念难以渗透到各级政府、生产企业和社会公众的自觉行动和行为中。不重视消费带来的环境问题，必然会对环境造成更大的问题，使人与自然关系失衡，导致生态危机。
治理体制的陈旧、羁绊
首先，生态环境管理体制没有理顺。中国生态环境多部门管理，分权化、部门化和碎片化监管现象突出。
其次，各类规划不协调。规划分属不同行政部门，种类繁多，体系结构复杂，各类专项规划彼此孤立，实际操作中协调起来也非常困难，耗费大量的时间和技术成本，造成规划的时效性降低，规划的实际执行与规划偏差过大。
再次，社会公众参与比较薄弱。由于信息公开程度不够、公众对一些问题认识不深入、掌握的信息不对称等因素的影响，使得公众无法提出建设性的意见，即使公众提出建设性的建议，有时也得不到回应，不能引起重视，导致公众认为自己的意见对于环境治理中的决策来说无足轻重，参与积极性不高，流于形式，参与的深度和广度不够，难以监督和制约政府决策行为和影响决策的执行效果和效率实现自然资源和生态环境治理现代化，完善公众参与机制，保障公众的参与权。
同时还存在，立法修法工作相对滞后的问题。
治理机制的缺失、缺陷
第一，市场交易机制缺失。一是产权交易机制尚未建立。二是有效竞争机制尚未建立。
第二，资源价格机制尚不健全。中国大多数资源人均占有量远低于世界平均水平，其价格却低于国际一般水平，未能反映出我国自然资源的稀缺性市场供求、资源稀缺程度、生态环境损害成本和修复效益、生产安全成本等。自然资源及其产品价格关系没有理顺。中国资源性产品之间的比价关系不合理，上下游之间传导不畅，煤炭和电力、天然气的上下游，原油和成品油价格的比价还不合理，特别是煤炭价格和电力价格之间冲突和矛盾长期积累，天然气出厂价格与可替代能源价格相比偏低，各地纷纷进行煤改气、油改气、争上以天然气为原料的加工项目，导致部分地区天然气供求矛盾突出。电力成本与销售电价脱节、输配电价与上网电价脱节，造成能源优化调整的难度大，制约了产业结构优化。市场化定价机制尚未完全形成。中国石油(601857,股吧)、电、水、气等资源仍以政府定价为主。在能源资源领域，能源垄断经营体制和监管机制机构自身不足的影响，政府对一些能源领域价格缺乏透明的成本。
第三，生态补偿制度缺位。包括生态补偿力度薄弱；生态补偿配套基础性制度缺位；生态补偿相关政策法规建设滞后三方面问题。
第四，监督体制的缺失。缺乏统一的生态环境监管主管部门现行对工业点源、农业面源、交通移动源等全部污染源排放的所有污染物，对大气、土壤、地表水、地下水和海洋等所有纳污介质，实行不同领域、不同部门、不同层次的监管。这种监管体制的权威性和有效性不够，难以对生态文明建设进行科学合理的顶层设计和整体部署，难以形成建设生态文明的合力。
第五，生态环境建设投资融资机制严重缺失。政府财政性投资的有效性不足，投融资仍在传统体制的框架内进行的以政府财政投资为主的投融资活动。由于政府财政投入总量不足，资金来源不合理，投资政策的模糊或摇摆，导致投融资引导力不强，有效性不足。
基础能力的缺欠、薄弱
产业体系薄弱。由于历史原因，中国各地工业结构重型化问题一直比较严重。再加上我国经济增长长期对投资过度依赖，因而资金密集型的石化、钢铁、水泥等高载能行业在工业中所占比重居高不下。
能源生产和消费以煤为主。中国的能源特征是“贫油少气富煤”，在能源消费结构中，煤炭占６６．０％，天然气占５．８％，水电、核电和风电等能源仅占９．８％，而世界能源消费结构中，煤炭占３０．１％，天然气占２３．７％，水电、核电和可再生能源占１３．８％。世界能源结构朝着高效、清洁、低碳或无碳的天然气、核能、太阳能、风能、生物质能方向发展，而中国以煤为主的能源结构难以在短期内根本改变。
技术支撑能力弱。中国作为发展中国家，经济由“黑色”到“绿色”转变的最大制约因素是整体科技水平相对落后，绿色技术的开发与储备不足。
绿色发展绩效尚未纳入干部考核体系。一是各级领导干部治理绩效考核注重ＧＤＰ，没有将资源消耗、环境损害、生态效益等指标纳入其中作为重要衡量指标。以破坏、牺牲蓝天青山绿水等自然资源来换取ＧＤＰ增长的政绩观，导致重发展轻保护的现象。二是领导干部离任自然资源资产审计制度、生态环境损害责任终身追究制度尚未实施，难以激励和约束领导干部的行为。
传统发展路径依赖。改革开放之后，中国的经济快速增长，虽然在经济增长方式上出现了许多新观点、新思想，提出了“探索新路子”、“转变发展方式”等战略思想，但增长的特点仍然可以概括为“三高三低”：即高投入低产出、高消耗低收益、高速度低质量的传统经济增长方式，是典型的粗放型经济增长方式。
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